Nach dem Sieg der Rebellen-Allianz in der Schlacht von Endor waren viele von Palpatines Tod überzeugt und selbst der imperiale Hohe Regierungsrat glaubte nicht, dass Palpatine jemals zurückkehren würde. Doch Palpatine gelang es, seinen Geist in einen seiner vielen Klonkörper in den Klonanlagen von Byss einzunisten, um dadurch in einem viel jüngeren Körper wiedergeboren zu werden. Diese Prozedur war für Palpatine eine kräftezehrende Angelegenheit und er benötigte Jahre, um wieder zu alter Stärke zu finden. Nachdem der imperiale Großadmiral Thrawn über die Galaxis hergefallen war und große Unruhen stiftete, wobei er die republikanischen Streitmächte stark dezimierte, fand es Palpatine im Jahr 10 NSY an der Zeit, seine Armeen zu entfesseln und sich erneut zum Herrscher über die Galaxis aufzuschwingen. Die geschwächte Republik konnte nur schwer dem Vordringen von Palpatines Truppen, die in den Kernwelten einfielen, entgegenwirken und so gelang es den Imperialen, die Zentralwelt Coruscant zu erobern. Palpatines Ziel war weiterhin die Bekehrung von Luke Skywalker zur Dunklen Seite der Macht. Außerdem beabsichtigte Palpatine, einen neuen Körper zu bewirten, da sein derzeitiger Klonkörper zu schwach gewesen war. Leia Organas ungeborenes Kind, das später den Namen Anakin Solo tragen sollte, stellte für Palpatine den perfekten Wirt dar. So war es wenig verwunderlich, dass Palpatine seine Adepten der Dunklen Seite entsandte, um Leia und ihr Kind gefangen zu nehmen. Ein Vorhaben, welches ihm jedoch nicht gelingen wollte.
Während Luke zusammen mit einigen anderen Jedi einen Angriff auf die Eclipse II startete, um den Imperator festzunehmen, machte sich Palpatine in der Verkleidung eines Pilgers auf den Weg zum Shatoon-Kloster. Dort hatten sich Leia, Han und der neugeborene Anakin vor den Angriffen geschützt und versteckt. Kurz darauf betrat auch Luke das Kloster und Palpatine, der ohnehin sehr schwach geworden war, wurde durch die Anstrengung im folgenden Kampf beinahe getötet. Dennoch gelang es dem Imperator, dem bereits geschädigten Brand schwer zuzusetzen und ihn tödlich zu verwunden. Als sich Palpatine gierig auf Anakin stürzte, zog Han kurzerhand seinen Blaster und schoss den Imperator nieder. Rechtzeitig konnte sich Palpatines Geist von seinem Klonkörper lösen, sodass er nun den Weg in Anakins Körper suchte. Der schwerverletzte und sterbende Brand warf sich dazwischen und schloss Palpatines Seele in seinen Körper ein. Als Brand wenig später starb, war auch Palpatine endgültig besiegt.